Preliminärskatt dras alltid från den kontanta bruttolönen. En anställd kan förutom kontant bruttolön ha olika förmåner, t.ex. bil eller bostad. Värdet på förmånen ingår i den anställdes skatteberäkningsunderlag, men något skatteavdrag kan inte göras från förmånen.
Om en anställd har en förmån, t.ex. bilförmån, och av någon anledning inte får någon bruttolön utbetald, vilket kan inte är ovanligt vid exempelvis längre frånvaro, kan inget skatteavdrag göras. Arbetsgivaren kan heller inte göra ett högre skatteavdrag vid ett senare tillfälle om inte den anställde själv begär det, s.k. frivillig skatt.
Det vanligaste i dessa fall är att förmånen läggs in på den anställdes lönespecifikation men utan att något skatteavdrag görs. Förmånen redovisas sedan på arbetsgivardeklarationen och arbetsgivaren betalar arbetsgivaravgifter på förmånsbeloppet. I arbetsgivardeklarationen på individnivå kommer förmånen att redovisas tillsammans med ett för lågt skatteavdrag vilket medför att den anställde får ett underskott på sitt skattekonto. Därför är det viktigt att man har en utarbetad rutin på företaget som reglerar hur förmåner ska hanteras vid längre frånvaro.
Om arbetsgivaren gör ett skatteavdrag som också redovisas och betalas in till Skatteverket trots att ingen lön har betalats ut, betraktas skatteavdraget som kontant bruttolön. Arbetsgivaren ska i de fallen redovisa skatteavdraget i arbetsgivardeklarationen på individnivå både som utbetald kontant bruttolön och som avdragen preliminärskatt.
Exempel
Agneta har en bostadsförmån som är värd 3 800 kronor. Hon blir sjuk en längre tid och får ingen lön utbetald. Arbetsgivaren kan alltså egentligen inte göra något preliminärskatteavdrag.
Vid lönetillfället gör arbetsgivaren trots detta ett skatteavdrag med 1 140 kronor och beloppet räknas därmed som kontant bruttolön. På Agnetas lönespecifikation kommer detta att redovisas så här:

Arbetsgivaren kan inte vid senare tillfälle göra extra skatteavdrag om inte Agneta själv begär det. 1 140 kronor ska redovisas i arbetsgivardeklarationen på individnivå dels som kontant bruttolön, dels som avdragen preliminär skatt.